Istoria Lipovei, ca oraș și cetate, a fost puternic marcată de echilibrul de putere dintre Imperiul Otoman și statele din alianța creștină. Înfrângerea Regatului Maghiar în bătălia de la Mohács din 1526, alături de expansiunea continuă a turcilor, a avut un impact semnificativ asupra regiunilor din apropiere.
Regatul Ungariei a dispărut practic de pe harta Europei, iar Transilvania a început să urmeze o cale proprie de dezvoltare. Deși istoriografia maghiară a susținut că Principatul Transilvaniei reprezenta o continuare a regalității maghiare, diferențele sunt fundamentale. Inițial, s-a încercat mutarea Curții Regale de la Buda la Lipova și apoi la Alba Iulia, pentru a păstra continuitatea regalității maghiare. Cu toate acestea, ceea ce a marcat evoluția distinctă a Transilvaniei a fost formarea noilor instituții ale Principatului, care nu aveau legătură cu fostul Regat Maghiar.
Pornind de la vechile structuri existente în perioada Voievodatelor, s-au organizat noi instituții, în ciuda numeroaselor dificultăți și opoziții venite atât din interior, cât și din partea puterilor vremii.
Formarea Principatului Autonom al Transilvaniei a avut loc sub presiunea dictatelor și a șantajului politic. Regina Izabella a fost obligată să returneze Moldovei cetățile Ciceu și Cetatea de Baltă pentru a-și păstra controlul asupra cetăților Lipova și Șoimoș (conform Ziridava III – IV, 1974, pg.11 – 23). La 4 septembrie 1541, sultanul a decis ca regina Izabella să se stabilească la Lipova, în Cetatea Șoimoș, împreună cu fiul ei Ioan Sigismund Zapolya, moștenitorul minor al tronului. Acesta avea ca tutori pe Petru Petrovici de Suraklin, care deținea și funcția de mare Căpitan al Lipovei (1541-1551), și pe episcopul de Oradea, Gheorghe Martinuzzi.
Alegerea Lipovei ca reședință pentru cel care purta doar formal titlul de rege al Ungariei indică ascensiunea rapidă a importanței acestui oraș, străjuit de două cetăți și transformat dintr-o așezare de graniță într-o reședință regală. Această schimbare, impusă de sultan, nu a fost pe placul reginei Izabella, a fiului său, a Curții, dar nici a nobilimii.
Deși Lipova fusese desemnată oraș liber regesc în 1529, intervalul 1529-1541 nu a fost suficient pentru dezvoltarea economică și culturală a localității, mai ales având în vedere pericolul tot mai mare reprezentat de expansiunea turcilor în zonă. Din această cauză, șederea reginei Izabella și a Curții sale la Lipova a fost scurtă. În mai 1542, s-a mutat la noua reședință desemnată, Alba Iulia, deși după câțiva ani și-ar fi dorit să se întoarcă la Lipova.
În scurta perioadă în care Regina Izabella și tutorii lui Ioan Sigismund au rămas la Lipova, au fost luate măsuri pentru consolidarea și dezvoltarea așezării. Aceștia au extins privilegiile orașului liber regesc și au implementat politici menite să sprijine creșterea economică și administrativă a Lipovei. Familia Zapolya a menținut controlul asupra Lipovei până în 1551, moment în care, din cauza disputelor dintre tutori, cetățile Lipova și Șoimoș au fost predate lui Ferdinand de Habsburg, alături de Cetatea Timișoarei și alte teritorii din regiunea Lipovei, Devei și Timișului. Prin acordul de la Sebeș din 19 iulie 1551, Regina Izabella și fiul său au renunțat la Coroana Ungariei și la posesiunile din Ungaria, cedându-le Casei de Habsburg.
Turcii, care încă din 1541 revendicau cetățile Lipova, Șoimoș, Caransebeș și Timișoara de la regina Izabella, au demarat acțiunea de ocupare a acestora, dorind să evite ca aceste teritorii să ajungă în mâinile susținătorilor regelui. Pentru a preveni un asediu devastator, locuitorii Lipovei, sub conducerea căpitanului Petho Janoș, care acționa în numele lui Martinuzzi, au ales să se predea turcilor pentru a-și salva orașul și cetatea. Astfel, la 8 octombrie 1551, turcii au intrat în Lipova.
Pe 1 noiembrie 1551, trupele creștine conduse de generalul imperial Castaldo, care sosește la Lipova cu o armată de mercenari, reușesc să alunge turcii din cetate pe 5 decembrie 1551. Asediul a avut un impact devastator asupra orașului și cetății; zidurile cetății, de 7 picioare grosime, au cedat în fața bombardamentelor, în special în zona Mănăstirii Minorităților.
Cetatea Lipovei a fost restaurată sub conducerea generalului spaniol Aldana Bernat, care a dotat-o cu arme și provizii. Majoritatea locuitorilor orașului fugiseră, lăsând în urmă o așezare aproape pustie. Aldana a beneficiat de ajutorul italianului Alessandro de Urbino, care a întărit cetatea conform unui nou plan.
Cu toate acestea, în iunie 1552, Timișoara a fost asediată de turci și, fiind insuficient apărată, a căzut pe 27 iulie 1552. La scurt timp după, turcii au cucerit și cetatea Lipovei, iar cetățile din Lugoj și Caransebeș s-au predat și ele. Astfel, turcii au preluat controlul asupra zonei Timișului și Valea Mureșului. Lipova a intrat sub stăpânirea turcească și a devenit un sangeac turcesc până în 1595.
Între 1595 și 1596, zona Timișului și Valea Mureșului au devenit scena unor conflicte intense, în încercarea de a recâștiga cetățile pierdute anterior. Cetățile Lipova, Ineu, Lugoj și Caransebeș aveau rolul de a apăra teritoriile din vest, inclusiv comitatele Arad, Zărand și Bihor, precum și Transilvania. Pierderile teritoriale suferite de otomani erau deosebit de importante din punct de vedere strategic. Imperiul Otoman nu a renunțat niciodată la aceste teritorii, revendicându-le fie prin intermediul conflictelor armate, fie prin negocieri diplomatice, în funcție de schimbările politice, inclusiv schimbarea Principelui Transilvaniei.
Astfel, Lipova a trecut printr-o nouă perioadă de stăpânire turcească care a durat aproape un secol, cu unele întreruperi, până în 1717. În această perioadă, orașul, aflat sub conducerea unui **sangeac**, a evoluat cu un caracter distinct oriental. Turcii au reconstruit cetatea în formă de pentagon, având o circumferință de 10.000 de pași și fiind situată pe malul râului Mureș, la nord, cu trei porți de acces la râu, așa cum este descris de Evliya Celebi.
În 1683, după eșecurile turcilor la Viena și contraofensiva militară și diplomatică a Imperiului Habsburgic, cetatea Lipova, crucială pentru apărarea Transilvaniei, a fost ocupată de trupele imperiale conduse de generalii Veterani, Stahremberg și Piccolomini în iunie 1688, împreună cu cetățile Șoimoș, Caransebeș, Lugoj și Orșova, restrângând astfel stăpânirea turcă la linia Mureș-Dunăre. Totuși, această ocupație nu a fost de lungă durată; în 1690, marele vizir turc a recucerit Belgradul, Niș, Vidinul și Lipova, dar în 1691 turcii au pierdut din nou Lipova, care a fost controlată de habsburgi până în 1695.
În 1695, după un asediu de trei ore cu circa 15.000 de soldați turci, Lipova a revenit sub stăpânirea turcească. Cetatea a fost distrusă de un bombardament de șase zile. Tratatul de Pace de la Karlowitz din 1699 a confirmat stăpânirea turcească asupra Lipovei, dar a cerut distrugerea cetăților Caransebeș, Sebeș, Lugoj și Lipova.
Stabilitatea Lipovei s-a schimbat în urma Păcii de la Passarowitz din 1718, când orașul liber regesc a intrat definitiv sub stăpânirea austriacă. Ultimele rămășițe ale cetății au fost folosite ca temelie pentru noile construcții, marcând astfel sfârșitul rolului istoric al Lipovei ca cetate din secolele XIV-XVII. Sangeacul Lipova a fost transformat în Districtul Lipova.